Cet accord bilatéral a pour ambition de renforcer et de moderniser la coopération entre la Suisse et la France concernant la gestion des eaux du Rhône, qui constitue un axe fluvial majeur et partagé entre les deux pays. Il s’inscrit dans la continuité d’une longue tradition de collaboration transfrontalière, tout en répondant aux défis contemporains liés à l’eau, notamment le changement climatique.
Les deux Parties, le Conseil fédéral suisse et le Gouvernement de la République française, rappellent l'importance des accords historiques qui les lient déjà (protection du Léman, pêche, navigation, aménagement hydroélectrique d'Emosson). Forts de cette expérience et désireux de donner un nouvel élan à leur dialogue, ils s'appuient sur des cadres internationaux de référence comme la Convention d'Helsinki sur les eaux transfrontières ou l'Accord de Paris sur le Climat. La motivation profonde est de passer d'une coopération sectorielle à une vision globale et intégrée pour préserver l'écosystème, garantir une utilisation équitable de la ressource et anticiper les impacts du changement climatique (crues, sécheresses).
L'originalité de cet accord réside dans sa structure. Il ne vise pas à remplacer les instances de gestion existantes (comme celles pour la pêche ou la navigation dans le Léman, listées en annexe). Au contraire, il institue un principe de subsidiarité. Une nouvelle instance est créée, à savoir la Commission de coopération sur les eaux transfrontières du Rhône. Son rôle n'est pas de gérer le quotidien, mais d'apporter une "vue d'ensemble". Elle a pour mission de coordonner les actions des différentes instances franco-suisses, d'assurer la cohérence de leurs programmes et de leur permettre de remplir pleinement leurs objectifs en ayant une meilleure compréhension des enjeux globaux du bassin versant.
L'accord s'applique à l'ensemble du bassin versant transfrontalier du Rhône, couvrant à la fois les eaux de surface et les eaux souterraines. Ses objectifs sont larges et intègrent les dimensions qualitatives et quantitatives. Il s'agit de préserver et restaurer les écosystèmes aquatiques et les zones humides; Améliorer la qualité de l'eau et réduire les pollutions transfrontières; Gérer les situations de crises (crues, inondations, sécheresses); Encadrer les usages durables (production d'eau potable, production d'énergie, pêche, navigation); Anticiper et prévenir les effets du changement climatique; Renforcer les connaissances scientifiques sur le fleuve.
Composée de deux délégations (une par pays) dirigées par un représentant gouvernemental, la Commission se réunit au moins une fois par an, avec une présidence tournante. Elle fonctionne sans secrétariat permanent, dans un esprit de souplesse. Ses principales tâches sont de : S'informer mutuellement des travaux des instances existantes. Identifier les problèmes émergents. Adopter des recommandations à l'unanimité à l'intention des Parties et des instances. En cas de divergence entre instances, elle peut être saisie pour tenter une conciliation. Si une recommandation ne fait pas l'unanimité lors d'une première réunion, la Commission est reconvoquée et les positions de chaque pays sont rendues publiques, ce qui introduit une forme de transparence et de pression morale.
Au-delà de la Commission, les deux États s'engagent à renforcer leur coopération en échangeant leurs données et en s'informant mutuellement des projets susceptibles d'avoir un impact sur la gestion transfrontalière de l'eau. Chaque Partie finance ses propres représentations et actions. Les projets communs sont financés au cas par cas. Enfin, un mécanisme classique de règlement des différends est prévu: en cas de litige persistant sur l'interprétation ou l'application de l'accord, et après échec des négociations, l'une ou l'autre des Parties peut saisir un tribunal arbitral, dont la composition et la procédure sont détaillées en annexe.